La Surveillance du SARS CoV 2 par les eaux usées est une urgence ! Et celle des AMR aussi !

Des initiatives récentes surveillent la présence et quantités de particules virales du COVID dans les eaux usées urbaines, suggérant l'importance d'un plan d'action national pour la surveillance des virus et les antibiotiques. 





La présence du coronavirus dans les selles et sa persistence dans les eaux usées pose les problématiques suivantes:



  • L'importance de surveiller les eaux usées pour voir venir les épidémies locales de COVID‑19. Ceci est essentiel pour la planification de la réponse par l’État et la préparation des services de soins intensifs des hôpitaux des collectivités locales !

  • Entrevoir la possibilité de transmission par voix fécale-orale du SARS‑CoV‑2.

  • Considerer que l'’eau, les surfaces et les endroits avec vecteurs peuvent être des voies de transmission.

Ainsi donc les approches suivantes nous semblent nécessaires:

  1. La surveillance dans les eaux usées de la quantité de coronavirus qu’elles contiennent, ce qui permet de PRÉDIRE l’arrivée d’épidémies dans la communauté concernée. Ci-dessous, nous montrons un certains nombres d'études et de résultats concrets menées aux USA, en Australie, en France (Institut Pasteur, Eau de Paris), aux Pays-Bas, en Finlande, en Espagne, en Italie. Un excellent article dans la publication STAT fait écho à nos propres convictions. Pour ce qui concerne la Résistance aux


Antimicrobiens (AMR), comme l'organisation CIDRAP, nous considérons que la surveillance des eaux usées est plus efficace que la surveillance traditionnelle de l’AMR par le système GLASS (lancé par l’Organisation mondiale de la Santé).

  1. L’accès à l’eau et les infrastructures (à rénover: canalisations, etc.) doivent être considérés comme prioritaires en tant qu’investissements dans les pays et communautés riches (négligence typique de New York à Flint, et du Royaume-Uni à la France), tandis que les pays mal équipés ont besoin d’investissements internationaux massifs.  

  2. Il est urgent de fournir des informations importantes au public, au personnel soignant et aux patients, tant dans les pays riches que dans les pays en développement.

  3. Enfin, les ONG du secteur de l’eau devraient participer à l’effort, et bénéficier de financements à cet effet.

Toutes les mesures ci-dessus seront très utiles pour contrôler la propagation des infections résistantes aux antimicrobiens, pour améliorer la réponse des services de santé et la santé générale des populations.




Actualités: eaux usées et COVID-19: La surveillance des eaux usées est possible via plusieurs approches, parfois peu couteuses, pour surveiller la présence de particules virales et les molécules antibiotiques. 

Dans un remarquable article de la revue STAT de Boston, les auteurs proposent : « Il est temps de lancer un programme national (étasunien) d’analyse des eaux usées pour la COVID‑19 » Il est évident que leur proposition, que nous partageons pleinement, s’applique aussi au reste du monde. D’ailleurs, cette analyse est aussi très pertinente face à la résistance aux antibiotiques, avec notamment une analyse régulière des eaux usées des systèmes de santé, surveillance qui pourrait être plus exacte que le système GLASS actuel de l’OMS, lequel a ses mérites et en même temps des faiblesses. La surveillance des particules virales pose le soucis d'atteindre un seuil de sensitivité et de spécificité suffisant. De manière intéressante, l'institut du Massachusetts Water Resources Authority, démontre la possibilité de suivre les sigantures virales du coronavirus dans les eaux usées. Voici un extrait de leurs résultats publié en ligne. (source ici)​

Dans leur article, les auteurs de cet article publié dans STAT écrivent: « Alors que la pandémie de COVID‑19 se propage à travers l’Amérique du Nord, causant un nombre record de cas, presque toutes les solutions pour contrôler la maladie incluent davantage de tests, surtout lorsque les villes et les États tentent de rouvrir. Mais comme les États atteignent leurs limites en matière de tests, nous avons besoin de nouveaux outils pour comprendre la transmission de la COVID‑19. Un programme national de surveillance des eaux usées offre une approche rentable pour suivre la COVID‑19 dans la majorité de la population américaine et fournir des alertes précoces en cas de résurgence » (…) « Les personnes infectées par le SARS‑CoV‑2 répandent le virus dans leurs selles avant même de présenter les symptômes de COVID‑19. L’analyse des eaux usées pour détecter le virus, en utilisant des méthodes comme celles utilisées pour tester les individus, peut prédire le niveau d’infection de la communauté une à deux semaines avant les diagnostics cliniques, et montrer des niveaux croissants et décroissants d’infection et de transmission du coronavirus. L’analyse des eaux usées d’une maison de retraite, d’une prison ou d’un dortoir pourrait éventuellement donner un signal précoce qu’un ou plusieurs résidents sont infectés et, par conséquent, entraîner l’analyse de chaque résident » STAT rapporte que « La surveillance nationale des eaux usées exigerait des tests au moins hebdomadaires dans les stations d’épuration et les égouts. Bien que certains États, tels que le Colorado, l’Ohio et New York, aient pris des mesures pour mettre en œuvre des efforts de surveillance des eaux usées, les États-Unis n’ont pas de programme national COVID‑19 pour cela » (…) Les auteurs citent ensuite quelques pays : Australie « le projet Collaboration pour la Surveillance du SARS‑CoV‑2 dans les Eaux Usées » En Finlande, l’Institut finlandais de la santé et du bien-être supervise l’échantillonnage dans 28 stations d’épuration des eaux usées dans le cadre d’un programme de surveillance qui couvre 60 % de la population finlandaise. Les Pays-Bas ont mis en place des tests hebdomadaires dans 29 usines qui couvrent environ 25 % de la population néerlandaise. (…) « Le Pakistan a mis en place un programme qui s’appuie sur le réseau de surveillance environnementale de la polio existant pour surveiller le SARS‑CoV‑2 dans 78 stations d’épuration des eaux usées à travers le pays » Les auteurs de l’article STAT qui inclut la direction du Harvard Global Health Institute, expliquent ensuite en détail comment planifier une telle initiative. Ce sont : Anna Mehrotra, senior wastewater engineer, CDM Smith Inc., Prof David A. Larsen Syracuse University in New York, et Prof Ashish Jha, Harvard T.H. Chan School of Public Health qui est directeur du Harvard Global Health Institute. Dans un numéro précédent de STAT, un article au titre provocateur « How the world can avoid screwing up the response to COVID‑19 again » (Comment le monde peut éviter de cafouiller dans sa réponse face à la maladie COVID‑19, le 5 juin) avait questionné 11 experts mondiaux et retenue en premier la surveillance des eaux usées !

Quelques initiatives à travers le monde En FRANCE En France, ‘Eau de Paris’ a également plaidé en faveur de la surveillance des eaux usées et a réalisé des études scientifiques. « Évaluation de l’impact du confinement sur la dynamique du SARS‑CoV‑2 par la quantification du génome viral dans les eaux usées de Paris ». Laurent Moulin et al. « Dans le présent travail, nous avons supposé que la quantification des génomes du SARS‑CoV‑2 dans les eaux usées devrait être en corrélation avec le nombre de porteurs symptomatiques ou non symptomatiques. Pour tester cette hypothèse, nous avons effectué une analyse quantitative du CoV-2 du SARS par RT-qPCR dans des échantillons d’eaux usées brutes prélevés dans plusieurs grandes stations d’épuration de la région parisienne. L’étude a été menée du 5 mars au 23 avril 2020, incluant donc la période de confinement en France (depuis le 17 mars 2020). Nous avons confirmé que l’augmentation des unités du génome dans les eaux usées brutes a suivi avec précision l’augmentation des cas de COVID‑19 humains observée au niveau régional. Il est à noter que les génomes viraux ont pu être détectés avant le début de la croissance exponentielle de l’épidémie. Tout aussi important, une diminution marquée des quantités d’unités de génomes a été observée en même temps que la réduction du nombre de nouveaux cas de COVID‑19, qui était une conséquence attendue du confinement. En conclusion, ce travail suggère qu’une surveillance quantitative des génomes du SARS‑CoV‑2 dans les eaux usées devrait apporter des informations importantes et complémentaires pour une meilleure étude de la circulation du SARS‑CoV‑2 à l’échelle locale ou régionale. En CHINE Un article parue dans la revue très sérieuse The Lancet Gastroenterology and Hepatology montre dès les premiers mois de l'infection la possibilité pour le virus SARS-CoV-2 de persister dans la matière fécale.  Voir l'article ici :   Présence prolongée de l’ARN viral du SARS‑CoV‑2 dans les échantillons de matières fécales, par Xi Huang et al., Université Sun Yat-Sen En ITALIE L’Institut Supérieur de la Santé de l’Italie (Istituto Superiore di Sanita ; ISS) signale que les eaux usées de Milan et de Turin contenaient déjà des séquences d’ARN viral COVID‑19 le 18 décembre 2019, soit plus de 2 semaines avant que la Chine ait signalé ses 1ers cas et 6 semaines avant que les 1ers cas italiens ne soient détectés, le 31 janvier 2020. En ESPAGNE « L’ARN du SARS‑CoV‑2 dans les eaux usées a anticipé l’apparition de la COVID‑19 dans une zone à faible prévalence. Gloria Sanchez et autres. Institut d’agrochimie et de technologie alimentaire, IATA-CSIC. Les auteurs: "L’excrétion fécale de l’ARN du SARS‑CoV‑2 chez les patients atteints de COVID‑19 a été largement signalée. C’est pourquoi nous avons étudié l’occurrence de l’ARN du SARS‑CoV‑2 dans six stations d’épuration des eaux usées (SEEU) desservant les principales municipalités de la région de Murcie (Espagne), la zone où la prévalence de COVID‑19 est la plus faible de la péninsule ibérique (...) Ces données de surveillance environnementale ont été comparées aux cas COVID‑19 déclarés au niveau des municipalités, révélant que les membres de la communauté excrétaient l’ARN du SARS‑CoV‑2 dans leurs selles avant même que les premiers cas ne soient signalés par les autorités locales ou nationales dans de nombreuses villes où les eaux usées ont été échantillonnées. La détection du SARS‑CoV‑2 dans les eaux usées aux premiers stades de la propagation de la COVID‑19 souligne la pertinence de cette stratégie en tant qu’indicateur précoce de l’infection au sein d’une population spécifique. " Les études italiennes et espagnoles susmentionnées ont conduit à des spéculations selon lesquelles le SARS‑CoV‑2 aurait pu exister dans le monde entier AVANT son apparition à Wuhan, en Chine, et c’est un journal conservateur britannique, The Telegraph, qui met l’accent sur cette histoire : « Exclusif : Selon un expert de l’université d’Oxford, le COVID‑19 n’est peut-être pas originaire de Chine. Le Dr Tom Jefferson, tuteur principal du CEBM (Centre for Evidence-Based Medicine, Oxford), estime que de nombreux virus sont en sommeil dans le monde entier et émergent lorsque les conditions sont favorables (…) » The Telegraph. En FINLANDE Institut finlandais de la santé et du bien-être « Coronavirus trouvé dans les eaux usées à Helsinki et Turku mais pas dans d’autres sites contrôlés chaque semaine. « La collecte d’échantillons a commencé en avril dans 28 stations d’épuration des eaux usées au total. Pour l’instant, des échantillons sont collectés chaque semaine dans les stations d’épuration d’Helsinki, Turku, Tampere, Kuopio et Oulu. En outre, des échantillons seront collectés chaque mois… (liste d’une vingtaine de localités) (...) « La collecte d’échantillons a bien démarré et les stations d’épuration ont accueilli l’étude avec satisfaction. »

Aux PAYS-BAS

Aux pays-bas, nous avons suivit la création d'un « Consortium Public-Privé Néerlandais sur Antibiotiques et Eau ». L’Association néerlandaise des Médicaments Innovants (VIG), l’Association néerlandaise des Médicaments génériques et biosimilaires (BOGIN), l’European Water Stewardship (EWS) et AMR Insights ont pris l’initiative de créer un consortium public-privé néerlandais dans le but de soutenir les solutions technologiques et la capacité d’innovation pour réduire les émissions des flux de déchets antibiotiques. Le consortium cible les hôpitaux, les usines de traitement des eaux usées et les usines de fabrication à l’intérieur et à l’extérieur de l’Union européenne, y compris des pays tels que la Chine, l’Inde et d’autres pays à faible et moyen revenu. À court terme, le consortium orienté vers l’action aura accès aux technologies existantes et les fournira. À plus long terme, le consortium mettra à disposition des solutions très innovantes et plus abordables résultant des travaux de recherche et de développement en cours et nouvellement lancés. Le consortium se connectera et s’intégrera dans les structures mondiales existantes de premier plan. L’objectif du consortium est de réduire les émissions d’antibiotiques dans le but principal de contribuer à la réduction globale de la résistance aux antimicrobiens (AMR). ET LA SURVEILLANCE DES EAUX USÉES EST ÉGALEMENT LA CLÉ CONTRE L’AMR! Le CIDRAP (Center for Infectious Disease Research and Policy), dans sa newsletter en février, publie un article qui présente "les avantages d’une surveillance mondiale de l’AMR basée sur les eaux usées" en citant le magazine SCIENCE : « La mise en place d’un système mondial de surveillance de la résistance aux antimicrobiens dans les eaux usées, basé sur le séquençage métagénomique, pourrait apporter des avantages substantiels et rapides et être mis en œuvre rapidement et à moindre coût, selon un article paru aujourd’hui dans la revue Science. » Ce document, rédigé par des experts de l’AMR de l’Université technique du Danemark et de l’Université d’Édimbourg, affirme que les systèmes internationaux actuels de surveillance de la RAM, tels que le GLASS (Global Antimicrobial Surveillance System, de l’OMS) se concentrent sur la surveillance des isolats cliniques de patients hospitalisés et sur la résistance aux antibiotiques de dernier recours, ce qui fait qu’ils ne couvrent qu’une partie de la situation mondiale sur l’AMR. En outre, ce type de surveillance est basé sur de petits échantillons et est difficile à mettre en œuvre dans les milieux pauvres en ressources ». « L’accent mis sur les milieux cliniques rend difficile la détermination de la propagation mondiale de la résistance aux médicaments de première ligne dans la communauté au sens large, ce qui représente une grande partie du fardeau mondial de l’AMR », écrivent les auteurs dans un article publié sur CIDRAP: Center for Infectious Disease Research and Policy, Office of the Vice President for Research, University of Minnesota, Minneapolis, MN Commentant sur Science: Utilisation des eaux usées pour la surveillance de la résistance aux antimicrobiens Frank M. Aarestrup, Mark E. J. Woolhouse, Science 07 Feb 2020 : Vol. 367, numéro 6478, p. 630-632 Notre action en cours: Cet automne le AMR Think-Do-Tank produira un dossier avec les meilleurs experts mondiaux sur le thème «  AMR & the ENVIRONNMENT’ a Global Health Security Issue », un projet lancé à (la conférence) EDAR 2019 in Hongkong et qui fut prémonitoire puisque nous y avions inclus le thème de la SÉCURITÉ SANITAIRE MONDIALE bien avant l’apparition du SARS‑CoV‑2. Ainsi, tout naturellement nous y inclurons la COVID‑19 dans les eaux usées.  ​Enfin pour conclure cet article, une petite fille de 6 ans nous a fait part de sa création que nous souhaitons partager avec vous :)



Très cordialement,

La team éditoriale de The Brief

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